Projektitutkija, bioinformatiikka - Harkinnan alla tai työllistetty, haku on suljettu

Haemme Itä-Suomen yliopistoon projektitutkijaa. Tehtävä sijoittuu biolääketieteen yksikköön Kuopion kampukselle ja alkaa 1.5.2024 (tai sopimuksen mukaan). Lue lisää alta ja hae viimeistään  8.4.2024.  

Tehtävä ja palkkaus  

Etsimme motivoitunutta ja lahjakasta bioinformatiikkoa tai laskennallista biologia (FT tai FM), joka on kiinnostunut asiantuntijan urasta osana UEFin Bioinformatiikkakeskuksen tutkumusinfrastruktuuria. Bioinformatiikkakeskuksen tavoitteena on edistää korkealuokkaista tukimusta tarjoamalla eritasoisia omiikka-analyysipalveluja, sekä toteuttaa innovatiivisia koneoppimiseen, datan integrointiin ja multimodaaliseen analyysiin perustuvia ratkaisuja. Tehtävä sijoittuu Itä-Suomen yliopiston terveystieteiden tiedekunnan lääketieteen laitokselle Kuopion kampukselle. Infrastruktuuri on myös osa Biokeskus Suomen (Biocenter Finland) bioinformatiikan teknologia-alustaa.

Projektitutkija osallistuu tutkimushankkeisiin ja kehittää biolääketieteellisen ja multimodaalisen datan analyysiratkaisuja UEFin syöpä-, sydän- ja verisuoni- sekä metabolisiin- ja neurodegeneratiivisiin sairauksiin keskittyville tutkimusyhteisöille. Toimit osana kasvavaa paikallista bioinformaatikkojen verkostoa. Riippuen profiilistasi ja kokemuksestasi, sinulla on mahdollisuus kehittää osaamistasi multiomiikka-analyyseissä, jotka sisältävät omiikka- ja kuvantamisdataa sekä paikallisista kohorteista ja muista tietolähteistä, kuten FinnGen, peräisin olevaa kliinistä dataa. UEFin Yksisolu-genomiikan keskus, metabolomiikkakeskus ja biolääketieteellisen kuvantamisen yksikkö tarjoavat mahdollisuuksia verkostoitumiseen alan asiantuntijoiden kanssa. Sinulla on käytössäsi sekä Bioinformatiikkakeskuksen paikallinen laskentainfrastruktuuri että CSC:n kansallinen laskentainfrastruktuuri. Tehtävä tarjoaa myös mahdollisuuden osallistua opetukseen..

Projektitutkijan tärkeimpiä tehtäviä ovat:

• tutkimusyhteistyö biolääketieteeseen ja data-analyysiin erikoistuneiden asiantuntijoiden kanssa,
• erityyppisten omiikka-, multiomiikka- ja multimodaalisten aineistojen esikäsittely ja analysointi sekä
• uusimpia menetelmiä hyödyntävien ohjelmistojen rakentaminen.

Tehtävä täytetään 1.5.2024 (tai sopimuksen mukaan) alkaen kahdeksi vuodeksi. Uuden työntekijän tullessa tehtävään käytetään koeaikaa. 

Tehtävän palkkaus määräytyy yliopistojen opetus- ja tutkimushenkilöstön palkkausjärjestelmän mukaisesti. Palkka koostuu tehtäväkohtaisesta palkanosasta ja henkilökohtaiseen suoriutumiseen perustuvasta palkanosasta. Tässä tehtävässä tehtäväkohtainen palkanosa on vaativuustasoluokittelussa tasoilla 5-6 (tohtorin tutkinto) ja tasoilla 3-4 (maisterin tutkinto). Lisäksi maksetaan henkilökohtaiseen suoriutumiseen perustuvaa palkanosaa, joka on 6 - 50 % tehtäväkohtaisesta palkanosasta. Vaativuustasosta ja henkilökohtaisesta palkanosasta riippuen palkka työsuhteen alkaessa on noin 3534 -4497 €/kk (tohtorin tutkinto) tai 2689-3330 €/kk (maisterin tutkinto).    

Mitä edellytämme ja toivomme sinulta  

Toivomme hakijoilta korkeaa motivaatiota, taustaa bioinformatiikan tai datatieteen alalla sekä kiinnostusta biolääketieteellisen datan analyysiin.

Edellytämme:

• Projektitutkijan tehtävään valittavalla tulee olla tohtorin- tai maisterintutkinto bioinformatiikan, laskennallisen biologian, datatieteen tai joltain näihin liittyvältä alalta. Jos hakijan tutkinto on joltain muulta alalta, hänen tulee osoittaa omaavansa runsaasti kokemusta bioinformatiikan data-analyysistä.
• Koneoppimismenetelmien hyvä tuntemus.
• Kokemusta vähintään yhden datatyypin analysoinnista:

  • genome- or phenome-wide association

  • bulk- tai yksisolu transkriptomiikka

  • bulk- tai yksisolu epigenomiikka

  • proteomiikka tai metabolomiikka

• Vahva osaaminen R-ohjelmoinnista, Linuxin shell-ohjelmoinnista ja Pythonista tai jostain muusta soveltuvasta ohjelmointikielestä.
• Erinomainen englannin kielen kirjallinen ja suullinen taito.
• Hyvät viestintätaidot, kyky itsenäiseen työskentelyyn sekä aloitekykyisyys.

Eduksi katsotaan:

• Kokemus genominlaajuisista assosiaatiotutkimuksista (GWAS), metabolomiikasta, knowledge graph- tai muista multimodaalisen datan analyysimenetelmistä.
• Kokemus container-ympäristöjen käytöstä sekä versiohallinnasta.

 Tarjoamme sinulle  

• monipuolisen työtehtävän osana kansainvälistä, luovaa, osallistuvaa ja osallistavaa yliopistoyhteisöä, 
• mahdollisuuden joustavaan monipaikkatyöhön,  
• Itä-Suomen yliopiston henkilöstöedut, joihin kuuluvat muun muassa kattava työterveyshuolto, laaja henkilöstökoulutustarjonta, edulliset kampusravintolalounaat, Sykettä-liikuntapalvelut ja mahdollisuus työsuhdepolkupyörään.  

Hae näin  

Jätä hakemus viimeistään 8.4.2024 sähköisellä hakulomakkeella.   

Huomioi, että hakemukseen tulee liittää mukaan:  

• ansioluettelo (CV) (Tutkijan ansioluettelomalli)  
• julkaisuluettelo (Julkaisuluettelo, ohje)
• motivaatiokirje  

Kysymyksiä? 

Lisätietoja tehtävästä antaa tutkimuspäällikkö Virpi Ahola, virpi.ahola@uef.fi, +358 50 5687597 tai tutustu osoitteessa https://bioinformatics.uef.fi

Lisätietoja hakemisesta ja hakuprosessista hrbiomed@uef.fi